מכיוון שנושא החינוך הוא בליבת העשייה של הגרעין ונוגע גם בחיי המשפחות המזוהות עם הגרעין באופן ישיר הרבה מהכוחות של הגרעין וחבריו מושקעים בתחום זה. כגודל המגוון בין הגרעינים השונים ובין מערכות החינוך השונות כך גודל המגוון של דרכי ההתמודדות בשטח.
בגרעינים מתקיימים דיוני עומק תדירים במטרה לשמר ולחדש את הרוח הגדולה ולהתאימה לאתגרי המציאות המתפתחת ומשתנה לנגד עינינו. בין השאר נדונים תפקיד הגרעין התורני – בין השפעה ברוחב תחומי חיים להשפעה ממוקדת בעומק אידיאולוגי רוחני, הגדרת קהילת הגרעין – בין השתלבות לייחודיות – מה הזיקה בין קהילת הגרעין לקהילת העיר הרחבה? בין הגרעין כעוגן מארגן לחבריו, ובין הגרעין כגוף מפתח ומתכלה בסופו של תהליך, הגדרת חבר גרעין – בין טבעיות החיים לשליחות-– בין פעולה "למען" ובין פעולה "עם", בין קהילה לארגון – המתח שבין קהילתיות לשירותיות ומציאת האיזון הנכון בין תחושת שליחות לבין איכות חיים. במקביל נידונים גם דרכי הפעולה המיטביות בכל תחום.
ההתפתחות, ההתבססות וההתבגרות של הגרעינים התורניים, והמגוון הרחב של הפרויקטים ודרכי הפעילות דחפה מלמטה גם את ארגון הגג, קרן קהילות, להתרחב ולהתמקצע. כיום הקרן עוסקת בשני תחומים עיקריים – ייצוג הגרעינים מול משרדי הממשלה והתקנות השונות, ומול מקבלי ההחלטות למיניהם, ומאידך עבודה מול בעלי התפקידים בגרעינים – הרבנים, המנהלים ורכזות הקהילה.
ישנם כמה תחומים ופרויקטים רוחביים שצומחים מהשטח והקרן מקדמת באופן רוחבי: תחום הקהילה, פעילויות קהילתיות סביב מעגל השנה, נדל"ן, שיעורי תורה לציבור הרחב, ועוד.
ישנה מזכירות מנהלים נבחרת שמייצגת את הגרעינים התורניים ומתווה את דרכה של הקרן.
